Centrum Sztuki Współczesnej Znaki Czasu w Toruniu powołane zostało do życia w lutym 2006 r. przez Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego, w ramach realizacji programu operacyjnego MKiDN „Znaki Czasu”
Utworzenie instytucji było możliwe dzięki porozumieniu czterech partnerów: Ministerstwa Kultury i Dziedzictwa Narodowego, Województwa Kujawsko-Pomorskiego, Gminy Miasta Toruń oraz toruńskiego Stowarzyszenia Przyjaciół Sztuk Pięknych „Znaki Czasu”. Dzięki własnym środkom gminy oraz przyznaniu dofinansowania przez Unię Europejską (w ramach Zintegrowanego Programu Operacyjnego Rozwoju Regionalnego), jak i dotacji MKiDN, w 2006 r. rozpoczęto budowę obiektu CSW, która zakończona została w grudniu 2007 r. Tym samym zrealizowano w Toruniu pierwszy budynek wypełniający założenia programu MKiDN „Znaki Czasu”. Toruńskie CSW jest też pierwszym, całkowicie od podstaw wybudowanym w Polsce po 1939 r. obiektem dedykowanym sztuce współczesnej.